История храма Богоявления уходит в далёкое прошлое Братска. Первую церковь в Братском остроге построили в 1631 году (по другим сведениям в 1649 году). В 1675 году русский посланник в Китай Николай Спафарий записал, что есть «в остроге церковь во имя Пресвятой Богородицы Владимирской». Одновременно с почитанием Владимирской иконы, в Братске избрали чествование праздника Святого Богоявления. Культ Крещения Господня имел в Сибири особое значение, подчеркивая одну из главных задач русских землепроходцев — обращение его коренных жителей в христианство.
В 1707 году была построена в Братске новая церковь с двумя приделами: во имя Владимирской иконы Божией Матери и во имя Богоявления Господня.
К началу XIX века церковь значительно обветшала, поэтому рядом с ней в 1843 году на средства прихожан строится новая деревянная церковь (проект был составлен неизвестным петербургским архитектором по просьбе декабриста П.А. Муханова, отбывавшего в 1833-1842 годах ссылку в Братске). Новый храм, так же как и старый, был с двумя приделами: зимним — во имя Богоявления Господня (освящен в 1843 году) и летним — во имя Владимирской иконы Божией Матери (освящен в 1844 году).
После революции, в 1925 году церковное здание было принято под государственную охрану как памятник архитектуры (постановление Иркутского губисполкома). До 1934 году в церкви продолжались богослужения (с 1899 до 1933 года настоятелем храма был протоиерей отец Леонид (Малышев). В 1934 году пожар уничтожил в Братске школу, и община верующих Богоявленской церкви добровольно передала сельсовету во временное пользование церковное здание, чтобы там разместилась школа. Позже здание переоборудовали под клуб, а к январю 1936 года это уже был кинотеатр «Ангара». На месте колокольни построили двухэтажный райисполком. Еще более кощунственным оказалось решение РК ВЛКСМ о постройке на месте прицерковного погоста спортивной и танцевальной площадок. С 1948 году согласно постановлению Совета Министров РСФСР Богоявленская церковь охранялась государством. При строительстве ГЭС селение было снесено вместе со всеми строениями, независимо от их охранного статуса. В 50-е годы воды рукотворного Братского моря сокрыли этот позор. А в середине 70-х в Падунской части Братска вновь возникла православная община. У истоков возрождения православия земли Братской были сильные верой и духом люди: Михаил Васильевич Бубнов, Ольга Степановна Черезова, Мария Ивановна Карпова, Юлия Владимировна Сорокина, Александра Михайловна Смирнова, Елена Григорьевна Софронова, Евфросинья Афанасьевна Ягодкина, Таисия Семеновна Бажина, Ольга Адольфовна Никольшина и другие.